1907年，学校将铁路工程班改设为铁路专科（现在土木系前身），定学制三年，原铁路工程班的学生和当年暑假招入铁路工程班的新生，均转入铁路专科，这是本校设立的第一个工程专科。

在设置铁路专科的同时，又把开办一年的商务专科予以停办。这样，学校就由培养商务为主的实业人才，转而为培养工程技术方面的实业人才。